La différence est énorme !!!
Déja au niveau structurel, le lien physique est au niveau le plus bas du système de fichiers. pour accéder à un fichier, tu as des répertoires (manipulables par MKDIR, RMDIR, etc). un répertoire est un fichier système qui contient des noms de fichiers mis en relation avec un numéro d'inode. et la table des inodes renvoie vers les secteurs de données physiques. quand tu crée un lien physique, tu te retrouve donc avec deux noms de fichiers qui pointent vers le même inode.
la conséquence, c'est que une fois le / les liens créés, rien ne permet de distinguer un lien plutôt qu'un autre. un fichier est considéré effacé uniquement quand son dernier lien est effacé et que son dernier handle est libéré.
tu peux donc déplacer ou renommer l'un ou l'autre de ses liens, et tous les autres liens marcheront toujours. contrairement à un lien symbolique qui fonctionne un peu comme les raccourcis de windows, c'est à dire, que le nom de l'objet pointé est mémorisé dans le lien et si tu déplace le fichier physique, le lien dne marche plus.
du coup, il y a des différences de fonctionnalités. le lien physique doit être sur le même volume (même système de fichiers et point de montage) alors que le lien symbolique peut pointer vers n'importe quoi.
donc quand tu veux faire apparaitre un fichier ou un répertoire venant d'un autre disque, tu n'a pas le choix, tu ne peux utiliser que le lien symbolique.
pour plus d'infos, MAN LN